同様の質問をいただいており、すでに回答させていただいておりますので、そちらの回答を転載させていただきます。
（転載元：http://dameoyaji.jp/wp2/forums/topic/ea%e3%81%ae%e5%81%9c%e6%ad%a2%e3%82%bf%e3%82%a4%e3%83%9f%e3%83%b3%e3%82%b0/）
どのタイミングでEAを停止するかは、基本的には運用されている方の考え方ひとつなので、以降はあくまでも
私見としてお伝えさせていただきます。
基本的にEAを用いた自動売買は、確率論の下でトレードを行っています。
つまり、多くのトレードを繰り返す中で、『だいたいバックテスト通りの勝率・利益率に落ち着くだろう』という
予測の元、バックテスト結果をもとに、皆様に提供してもよいEAかどうかを開発者は判断しています。
むやみにEAの稼働を停止するということは、この確率論の考えから外れることになりますので、当初想定していた
結果とは異なることになります。
上記理由により、基本的に私は一度EAを動かし始めたら、想定外の損失が発生したりしない限りはEAを止めることは
しません。
ただし、明らかに相場が閑散となってしまうような状況の時、具体的には
・GW
・お盆
・クリスマス～年末年始
に関しましては、一時的にEAの稼働を止めたほうが良いかと思います。
これらの期間は、突発的な動きが生じる可能性があり、そのような相場にEAは弱いためです。
また、ポジション保有中にEAを停止した場合は、固定でTP,SLを入れていなければポジションを保有したままとなるため、
基本的には手動にて決済していただくことになります。
Masanobu 